انبثقت فكرة إنشاء متحف بلدية جنين نتيجة لشعور عام بحاجة المدينة إلى متحف تراثي ثقافي وعلمي. بدأت الخطوات الأولى للتمثيل الفعلي للفكرة من خلال مهرجان أوروبا في جنين، حيث قدمت بلدية لاسبيتسيا الإيطالية (la Spezia) دعماً لمشروع تحت عنوان «تنشيط السياحة في جنين»، اشتمل على دعم مشاريع تتعلق بصقل المهارات في مجال الفنون اليدوية )التطريز، الفخار، القش،...)، وتم من خلال هذا المشروع افتتاح القسم الأول (القسم التراثي) في متحف جنين عام 20 11 ، ويتم العمل حالياً على تأسيس القسم الثاني من المتحف، وهو قسم المقتنيات الأثرية.

يقع متحف جنين في الطابق السفلي من مبنى البلدية، وكان الاقتراح الأول يقتضي إنشاء المتحف في مبنى مدرسة فاطمة خانون، وهو من أقدم المباني التاريخية في المدينة، ويعود إلى العهد العثماني، حيث كان يستغل كمركز لقيادة الجيش التركي في جنين، إلا أن الفكرة لم تنجح نظراً لشغل المدرسة للمبنى. يحتوي المتحف على العديد من المقتنيات التراثية المستأجرة من مالكيها بشكل مؤقت، ويضم بعض الأواني النحاسية التي تعود إلى العهد العثماني، وتحديداً فترة حكم آل عبد الهادي لمدينة جنين، إضافة إلى بعض الملابس التراثية التي تم جمعها من القرى، وتعود في معظمها إلى ستينيات القرن الماضي.

يحتوي المتحف أيضاً على غرفة الأسرى والمعتقلين، حيث قام الفنان القائم على إدارة المتحف، السيد سلطان السعدي، بتجسيد معاناة الأسرى في سجون الاحتلال من خلال رسومات ومنحوتات لوضعيات مختلفة للأسرى أثناء التعذيب، استوحاها من قصص سمعها على لسان الأسرى، إضافة إلى أعمال فنية أنتجها الأسرى أنفسهم. كما بدأ القائمون على المتحف بالعمل على قسم نقاط التفتيش (checkpoints) لإظهار معاناة الفلسطينيين على الحواجز الإسرائيلية. ولا يقتصر دور المتحف على استقبال الزوار، حيث تم عقد عدة دورات تدريبية داخل المتحف في مجال الفنون اليدوية.