انبثقت فكرة إنشاء متحف بلدية جنين نتيجة لشعور عام بحاجة المدينة إلى متحف تراثي ثقافي وعلمي. بدأت الخطوات الأولى للتمثيل الفعلي للفكرة من خلال مهرجان أوروبا في جنين، حيث قدمت بلدية لاسبيتسيا الإيطالية (la Spezia) دعماً لمشروع تحت عنوان «تنشيط السياحة في جنين»، اشتمل على دعم مشاريع تتعلق بصقل المهارات في مجال الفنون اليدوية )التطريز، الفخار، القش،...)، وتم من خلال هذا المشروع افتتاح القسم الأول (القسم التراثي) في متحف جنين عام 20 11 ، ويتم العمل حالياً على تأسيس القسم الثاني من المتحف، وهو قسم المقتنيات الأثرية.